Xung quanh Nhật Bản là một loạt các biển thông nhau. Phía Đông và phía Nam là Thái Bình Dương. Phía Tây Bắc là biển Nhật Bản. Phía Tây là biển Đông Hải. Phía Đông Bắc là biển Okhotsk. Vùng biển xung quanh các quần đảo Izu, Ogasawara, Nansei của Nhật Bản chính là biển Philippines theo cách gọi của thế giới, song các văn kiện của chính phủ Nhật Bản vẫn chỉ gọi đó là Thái Bình Dương. Vùng biển nằm giữa Honshu và Shikoku gọi là biển Seito Naikai.

Từ phía Nam, Nhật Bản có hải lưu Kuroshio chảy qua. Từ phía Bắc xuống có hải lưu Oyashio.

Nhật Bản có bờ biển dài với nhiều loại địa hình. Bờ biển Sanriku, Shima, Wakasa, Seto Naikai, Tây Kyushu nhiều chỗ ăn sâu vào đất liền và có nhiều cửa sông. Trong khi đó bờ biển Hokkaido, Shimokitahonto, Kashimanada, Enshunada, và bờ biển Nhật Bản lại ít thay đổi, có nhiều bãi cát và cồn cát.